Расположен в самой южной части Дальнего Востока, на побережье и акватории Японского моря, в западной части залива Петра Великого. За морским заповедником закреплено три участка акватории. На акватории охранной зоны запрещены проведение взрывных, геологоразведочных и других изыскательских работ, а также любые действия, вызывающие загрязнение вод.